关于女方提出离婚时两个孩子抚养权的判决，通常会遵循一系列明确的原则，以保障孩子的健康成长。
具体如下：
1.两周岁以下子女：
这个阶段的子女会随母方生活。
因为在孩子年幼时，母亲的照顾往往更为细致和周到，更有利于孩子的身心发展。
不过，如果母方存在不利于子女身心健康的情形，比如患有严重的、久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，可能无法为孩子提供良好的生活和照顾环境；又或者母方有抚养条件却不尽抚养义务，对孩子缺乏应有的关爱和照顾等，那么孩子就可能不会判给母方。
2.两周岁以上子女：
-法院会全面综合地考虑父母双方的抚养能力和抚养条件。
经济状况是重要因素之一，稳定且充足的收入能为孩子提供良好的物质生活；教育程度也会影响，受过良好教育的一方可能在教育孩子方面更有优势；居住环境同样关键，安全、舒适的居住条件有利于孩子的生活和学习。
-若一方已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力，在双方其他条件相当的情况下，可优先考虑这一方。
-一方没有其他子女，而另一方有其他子女的，从照顾孩子情感需求等方面考虑，也会优先考虑前者。
3.八周岁以上子女：
此时应充分尊重孩子的真实意愿，因为这个阶段的孩子已经有了一定的认知和判断能力。
4.特殊情况：
若一方存在虐待、遗弃子女等严重不利于子女成长的情形，法院一般不会将孩子判给该方。
通常情况下，法院可能会判决一方抚养一个孩子，但会始终以最有利于孩子成长为出发点，结合各种实际情况作出具体判决。

案情回顾:

小朱和小李婚后育有两个孩子，后小朱提出离婚，双方就孩子抚养权产生争议。大孩子已八周岁，小孩子未满两周岁，且小朱存在轻微传染性疾病。

案情分析:

1、对于未满两周岁的小孩子，一般应随母方生活，但小朱有传染性疾病，可能不利于孩子身心健康，抚养权或判给小李。
2、八周岁以上的大孩子，应尊重其真实意愿，看孩子更倾向于跟随小朱还是小李生活。
3、法院还会综合考虑双方抚养能力和条件，如经济状况、教育程度、居住环境等。
4、若一方存在虐待、遗弃等严重不利于孩子成长情形，将不会获得抚养权。法院会以最有利于孩子成长为出发点作出判决。