对于涉及到工程抵款事宜所引发的合同纠纷，可采取以下两种方式来妥善处理：
首先，以和解方式来解决问题，即通过双方深入交流并充分了解对方的观点与立场之后，能够就争议问题达成共识；
其次，采取协调策略，这主要是依赖于相关部门的协助，通过各方共同努力，将争议内容明确化，从而使得争议双方有机会解决存在的问题。

《民法典》第四百六十五条依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。