关于农村房屋与土地纠纷的协议，通常需经过双方深入磋商，明确各种可能的纠纷状况、相关各方享有的权利及承担的责任义务，确定纠纷的解决途径、赔偿金的额度以及相关框架的执行节点等事宜。此种协议应当采取书面形式，并且需要双方共同签字或者经加盖公章予以确认。在成功签订协议之后，还可以将其报送至所属的村委会或乡镇人民政府进行备案，这样既能保障协议的合法性和有效性，也有利于维护各方面的利益和权益。

《中华人民共和国土地管理法》第十条
农村土地承包经营应当遵循以下原则：
（一）依法、自愿、有偿，保护农民土地权益；
（二）土地承包经营权流转应当遵循市场规律，坚持公开、公平、公正的原则；
（三）土地承包经营权流转不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途；
（四）土地承包经营权流转不得损害农民和农村集体经济组织的利益。