根据相关规定，办理商品房预售合同备案手续的程序如下所述：首先，申请人应向相关部门提交申请表及所需提交的全套申请材料；其次，窗口受理人员会对申请人提交的材料进行详细检查与核实，对于无法受理的申请案件，他们将开出《退件通知单》，并将所有已接收的材料退还给申请人；若发现申请人提交的材料存在缺失或不足之处，则会出具《补件通知单》，并一次性告知申请人在申请过程中需要补充哪些材料。
接下来，当申请人提交的材料符合法律法规且齐全无误时，窗口受理人员将会为其开具《收件收据》，并将所有材料移交给审批科进行进一步处理。
在审批科内部，经办人员会对申请人提交的材料进行初步审查，并填写《商品房预售备案登记表》，随后将材料递交至科领导进行最终审核。
经过审批科负责人的严格审核，若申请材料符合要求，便会在《商品房预售备案登记表》上加盖备案专用章。
最后，申请人可凭借收到的《收件收据》前往相关部门领取已经加盖了备案专用章的《商品房预售备案登记表》。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十四条
商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。
《城市房地产开发经营管理条例》第二十七条
房地产开发企业应当自商品房预售合同签订之日起30日内，到商品房所在地的县级以上人民政府房地产开发主管部门和负责土地管理工作的部门备案。
《城市房地产开发经营管理条例》第三十二条
商品房预售合同订立后，应当按照规定向房地产经营主管部门备案。