处理农村房屋所有权纠纷时，可参照以下几种常见且有效的方式：
一、协商解决
协商是处理纠纷最为便捷且成本最低的途径。
当农村房屋所有权出现争议时，双方当事人可以心平气和地坐下来，自行就房屋所有权归属以及与之相关的一系列问题，如房屋的使用、收益分配等进行深入探讨。
在协商过程中，双方应充分表达自身诉求，同时也要认真倾听对方意见，寻求一个双方都能接受的解决方案，最终达成一致意见。
二、调解处理
如果双方自行协商无法达成一致，可向村民委员会、乡镇人民政府等相关部门寻求帮助。
这些部门对当地的实际情况非常熟悉，他们能够依据国家相关政策法规，结合当地的风俗习惯和实际状况，对纠纷进行客观公正的协调。
调解过程中，相关部门会深入了解事情的来龙去脉，积极促成双方达成和解。
三、申请仲裁
若双方此前曾明确约定了仲裁条款，那么在出现纠纷时，可向约定的仲裁机构提出仲裁申请。
仲裁机构会根据具体事实以及相关法律规定，对纠纷进行严谨的审理和裁决。
四、提起诉讼
当协商、调解都无法解决问题，且双方没有仲裁约定时，当事人可以向房屋所在地的人民法院提起民事诉讼。
法院会严格依据相关法律法规，例如《民法典》中关于物权的规定，对房屋所有权纠纷展开全面细致的审理，并作出公正的判决。
在处理纠纷的整个过程中，当事人要特别注意收集和保存相关证据，像房屋建造时的各类材料、产权登记资料等。

案情回顾:

小朱与小李就农村房屋所有权产生纠纷。小朱主张房屋是自家建造应归己有，小李称自家对房屋有出资也应有所有权。双方先自行协商，未达成一致；后寻求村委会调解，仍存分歧，争议焦点在于房屋所有权归属及出资认定。

案情分析:

1、协商阶段，双方未能充分考虑对方诉求，导致无法就房屋使用、收益分配等达成共识。
2、调解时，虽村委会熟悉情况，但因双方对出资事实各执一词，难以协调出双方都接受的方案。
3、若有仲裁约定，仲裁机构会依据事实和法律判定出资及所有权归属。
4、若诉诸法院，当事人需提供如建造材料、产权登记等证据，法院会据《民法典》相关规定公正判决。