1、它们的对象是共同的。它们都是企业产权交易的形式，其交易都是以企业这一商品为对象的；
2、这两种行为都是企业产权的有偿转让。就其活动而言，都是企业的买卖，所不同的只是买卖的方式而已；
3、它们都是企业在谋求自身发展中所采取的外部扩张战略。
它们之间的差别在于：
1、创新合并中参与合并的企业法人资格都随着合并而消失，而收购中，被收购企业作为经济实体仍然存在，被收购方仍具有法人资格，收购方只是通过控股掌握了该公司的部分所有权和经营决策权；
2、收购与合并对债权人新担负的义务不同；
3、在收购股权及资产方面，签订合约的对象虽然分别是股东和公司，但都只计算被收购企业或资产的价值。但在合并过程中，合并参与者若为股份公司，则通过股权交易，使原公司股东改持存续公司或新设立公司股票。这里需要先计算出各自的价值，经双方认同再计算出交换比率，然后才能进行合并。
对于员工：用人单位出现合并、分立等情形的，不影响劳动合同的履行，用人单位被收购的，由收购后的单位继续履行合同。

《劳动合同法》第三十三条
用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
第三十四条　用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。