公司修改制度做到合法的方式：
1.公司要随时关注现行法律的修改及新法律的出台，修改不合法的内容。
2.公司要尊重法律赋予工会或职工在规章制度实施过程中的建议修改权，协商修改相应内容。
3.公司要依据自身发展及内外环境的变化，依法修改、补充不适合的相关内容。

《中华人民共和国公司法》第五条
公司从事经营活动，必须遵守法律、行政法规，遵守社会公德、商业道德，诚实守信，接受政府和社会公众的监督，承担社会责任。
公司的合法权益受法律保护，不受侵犯。