1、账面库存与实物库存不符时，首先进行库存商品盘点、如果账面库存大于实际库存，说明有商品销售不记账；
将账面库存金额大于实物库存的差额计算补交增值税；如果账面库存小于实际库存，说明有购进货物不记账，应将货物退还给销货方。
2、账面库存与实物库存相符时，一般纳税人注销时，其存货不作为进项税额转出处理，其留抵税额也不予退税。

《个人独资企业法》第三十二条
个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。