烟草专卖许可证按照以下程序办理：
一、申请。申请人到当地县级烟草专卖局办证大厅提出办理申请。
二、受理。申请人递交的材料齐全的县级烟草专卖局应当受理，并将加盖专用印章的《受理行政许可通知书》送达申请人；不予受理的，烟草专卖局应负责将加盖专用印章的《不予受理行政许可通知书》送达申请人。
三、实地核查。烟草专卖局受理后，会指派两名以上工作人员到经营场所进行核查，核查申请内容与实际情况是否一致，并结合当地烟草制品零售点合理布局的要求，提交核查结果。
四、审核审批。审核部门对申请人提交材料的真实性、合法性、有效性、完整性等进行审核，并提出是否办理的意见，提交审批人审批。
五、决定。经审核予以许可的，烟草专卖局作出准予行政许可的决定，并在十日内向申请人送达烟草专卖零售许可证。不予许可的，也会向申请人说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

《烟草专卖许可证申请与办理程序规定》第五条
烟草专卖局是烟草专卖许可证的办理机关，负责烟草专卖许可证的受理、审查、审批和管理。