股东不愿意注销公司,可以通过联合公司持股比例达到三分之二以上的股东人员,召开股东会议进行投票表决,是否同意注销公司。
也可以通过联合持有公司全部股权及表决权百分之十以上的股东去法院提出申请，因为公司经营制度、管理方式或者遇到重大困难，再继续经营下去会导致各位股东损失更严重的情况下，可以请求人民法院解散公司。

《中华人民共和国公司法》第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。