首先，假设某位股东决定退出企业并将股份转让给其他股东。在这种情况下，无需进行深度清算。相反，只需根据公司的净资产价值对股权转让所产生的收益和损失进行评估和处理即可。
其次，在某些情况下，股东们可能会通过共同决议停止企业的运营活动。在此情况下，公司必须进行深度清算。为了确保清算过程中各项事务的合法性与公正性，企业通常需要聘请专业的中介机构负责出具有效的清算报告。而在当前的税务环境中，大部分税务机关都强制规定只有经过税务师事务所认证的清算报告才具备法律效力。在清算过程中，企业应采用破产会计的核算方式。具体操作如下：
在得到的清算财产收益中，首先支付清算费用，紧接着是职工工资、社会保险费用，如果还有多余款项则用于债务偿还。
最后，若仍有余额，则法定股东有权按照股权比例进行分配。
值得注意的是，如果最终的分配金额超过了初始投资，这部分额外利润还可能需要缴纳相应的所得税。

《中华人民共和国公司法》第七十四条有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的;
(二)公司合并、分立、转让主要财产的;
(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。