分情况。
1、如果是按正规的方式，以有限企业向自然人股东分配利润这个流程走的话，就要按“股息、红利所得”，缴纳分配金额的20%作为个人所得税。
2、如果是采取其他灵活方式，如使用法票，以报销名义向企业报销款项的话，就无需缴纳个人所得税，而且，因为报销费用会减少有限企业的利润，从而减少你企业应缴纳的企业所得税金额，一举两得。
3、如果自然人股东是以向企业借款的名义，来转走企业的资金的话，短期之内问题还不算大。
但自然人股东占用企业的资金超过一年，而且未将资金用于企业的经营的话，有可能被地税以“视同分配利润”的方式，要求缴纳个人所得税。
税率也是20%。

《公司法》第一百六十六条
：
1、公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。
公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。
2、公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。
3、公司从税后利润中提取法定公积金后，经股东会或者股东大会决议，还可以从税后利润中提取任意公积金。