1.主体不同，资金来源不同：
事业单位：
属于事业法人。
资金来源主要是国家财政拨款。
企业和公司：
属于企业法人。
资金来源主要是筹资或是股东投资。
2.设立目的不同：
事业单位：
大都是由国家机关和地方政府设立的。
不以盈利为目的，是为国家或社会服务，社会公共利益的需要。
企业和公司：
以盈利为目的。
3.管理主体不同：
事业单位：
主要是由政府主管部门负责的。
事业单位往往有其隶属的政府主管部门。
政府主管部门主要是依靠行政管理的法规、规章、条例、命令和政策对事业单位进行领导和管理。
企业和公司：
都是在法律法规允许的范围下，遵守企业（公司法）进行自我管理，对自己的行为负责。
4.分类不同：
公司：
根据《中华人民共和国公司法》公司的主要形式为无限责任公司、有限责任公司、两合公司、股份有限公司、股份两合公司，其区别于非盈利性的社会团体、事业机构等。
现行中国公司法规定的公司分为有限责任公司和股份有限公司。
事业单位：
教育事业单位、科技事业单位、文化事业单位、卫生事业单位、社会福利事业单位、体育事业单位、交通事业单位、城市公用事业单位、农林牧渔水事业单位、信息咨询事业单位、中介服务事业单位、勘察设计事业单位、地震测防事业单位、海洋事业单位等。
企业分类：
个人独资企业、合伙企业、公司制企业。
公司制企业又分为有限责任公司和股份有限公司；
内资企业、外资企业和港、澳、台商投资企业；
全民所有制企业、集体所有制和私营企业和外资；
无限责任公司、有限责任公司、股份有限公司；
母公司、子公司等等。
5.是否纳税：
企业（包括公司）：
在其经营过程中，需要向国家缴税。
事业单位：
不需要缴税。

《公司法》第七条
营业执照依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。
公司营业执照签发日期为公司成立日期。
公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。