专利申请已经到期的，处理违规的方法如下：
1、过期1个月之内，有1个月的延缓缴纳期，在延缓期内及时补缴年费，不需要额外缴纳滞纳金。
2、过期2-6个月，会收到专利行政部分发出的《缴费通知书》，包括年费、滞纳金等。
3、超过6个月，会收到一份《专利权终止通知书》，但专利权人依然可以保住自己的专利权。

《中华人民共和国专利法》第四十二条
发明专利权的期限为二十年，实用新型专利权的期限为十年，外观设计专利权的期限为十五年，均自申请日起计算。
自发明专利申请日起满四年，且自实质审查请求之日起满三年后授予发明专利权的，国务院专利行政部门应专利权人的请求，就发明专利在授权过程中的不合理延迟给予专利权期限补偿，但由申请人引起的不合理延迟除外。
为补偿新药上市审评审批占用的时间，对在中国获得上市许可的新药相关发明专利，国务院专利行政部门应专利权人的请求给予专利权期限补偿。补偿期限不超过五年，新药批准上市后总有效专利权期限不超过十四年。