在通常的场景之下，倘若已经达成了刑事谅解协议，那么公安机关能否撤销该案件则需要依据案件所涉及的实质内容以及具体情况进行全面权衡之后才能做出决定。
当犯罪行为的情节较轻且严格按照《中华人民共和国刑法》的相关规定来看，犯罪嫌疑人并不需要承担相应的刑罚责任或者依法被免予刑罚的情形下，公安机关才有可能考虑撤销此案。
然而，针对某些严重的犯罪行为，即便已经达成了刑事和解协议，公安机关也无法擅自撤销案件。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。