在处理非法拘禁案时，一般情况下是无法通过调解来解决问题并结束案件的。
由于非法拘禁罪涉及到对他人人身自由权的严重侵犯以及对社会公共秩序的破坏，因此它被归类为公诉案件。
即便犯罪嫌疑人与受害者之间就民事赔偿部分达成了和解协议，司法机构仍然需要依据法律规定，对犯罪嫌疑人进行刑事追责。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十二条
【自诉案件的结案方式】人民法院对自诉案件，可以进行调解；自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。本法第二百一十条第三项规定的案件不适用调解。
人民法院审理自诉案件的期限，被告人被羁押的，适用本法第二百零八条第一款、第二款的规定；未被羁押的，应当在受理后六个月以内宣判。