关于非法扩散传染病菌种和病源性病毒这个重大罪行，我国司法机构通常依据其所带来的实质性损害来做出裁决。
若行为人触犯了这项罪名，将被判处三年以下有期徒刑、拘役或是管制等严厉处罚。
而在情况极为恶劣之时，更会面临三年以上直至七年以下长短不一的有期徒刑。
尤其需要注意的是，“后果严重”这个词汇，它意指应当像引起可判入甲类的关键性传染病、艾滋病的广泛传播，或者严重威胁到肺炭疽这类病原体的进一步扩散;
另外还包括引发了首当其冲的艾滋病、肺炭疽，以及乙类、丙类传染病的大规模传播等情形。
然而，与之相比较，那些违反了由国务院卫生行政部门制定的关于传染病菌种、病源性病毒试验、保存、传递、输送相关规定的普通违法行为，也与之存在若干相似之处，两者都涉及对特定法规的违抗，且在导致或已经发生的后果方面，行为人均表现出过失的心态。
因此要准确定义这两种罪责之间的区别，只能通过深入研究、分析正面性和负面性效应的差异来得出结论:
前者必须证明已经发生了传染病菌种和病源性病毒的扩散，并造成了极其严重的后果;
后者则可能仅仅是违反了相关规定，或者即使已经出现了病原体的扩散，但其产生的后果远没有达到严重程度。

《刑法》第三百三十一条
从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。