恶意侵犯无线电通讯管理制度罪的惩治方式为:
未经合法许可，擅自设立、运营无线电台（站），亦或是私自利用无线电频率妄图干扰正常的无线电通讯秩序，情节非常严重的行为，将会被判处三至七年的有期徒刑，同时可能面临高额罚金的处罚；
若情节极端严重者，其刑期将升至三年以上。

《刑法》第二百八十八条
违反国家规定，擅自设置、使用无线电台（站），或者擅自使用无线电频率，干扰无线电通讯秩序，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。