免于刑事处罚是否有案底需要视情况而定：
1.如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底；
2.如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应有的案底记载。

《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。