非法经营退赃的流程为：
犯罪嫌疑人向公安机关说明相关情况、交待犯罪事实、赃款赃物的相关情况、退赃说明、交纳赃款等。
对于退赃的相关情况认定应当根据相关法律依据由司法机关进行认定后进行处理。
如果当事人无法退还赃款，会影响到量刑情节。

《中华人民共和国刑法》第二百二十五条
违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；
情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。