对于实施变造公司债券罪行的行为人，根据犯罪情节轻重，可给予的处罚如下:
如变造所得数额在较大范围内的，处以三年以下有期徒刑或者拘役的刑事惩罚措施，并且同时需要处以或单处一万元至十万元的罚金惩罚；
若变造数额超过巨大标准的话，处以三年以上、十年以下有期徒刑的严厉惩戒，还需处以二万元至二十万元的罚金追加处分。
同样地，如果涉及到的是单位行为主体，对该单位施加重罚——罚金处罚，同时对其直接负责的主要管理层及其他直接责任人，按照上述法律条款的规定进行相应处罚。

《中华人民共和国刑法》第一百七十八条
伪造、变造股票或者公司、企业债券，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处一万元以上十万元以下罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金。单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前两款的规定处罚。