这两种罪行皆属于职务性的财产犯罪范畴，皆涉及到将公众资金转移至个人掌控之下的行为。
然而，尽管如此相似，它们却有着显著的本质区别，这些差别主要体现在以下几个方面：
首先，从犯罪的性质来看，挪用公款罪侵犯的是公共资金的使用权与占有权；
而贪污罪的涉案重点在于，它侵犯的是公共财产的所有权。
其次，从犯罪的客体即对象上来看，挪用公款罪侵害的仅限于公款及其特定类型的公物；
而贪污罪的犯罪对象则涵盖了所有的公共财物。
再者，从行为的具体内容来看，行为人是否采用了欺骗、伪造等手段，使得自身实际占有公款的情况在财务记录中无法被察觉。
通过使用虚假的发票、对账单等会计凭证，使得其所占用的公款在单位财务账目上无法得到准确反映的，通常应被视为贪污行为。
此外，如果行为人采取了欺骗手段试图掩盖公款的去向，但由于某些因素的限制，未能完全掩盖，那么仅仅因为账目未能平衡就否定贪污罪的成立也是不恰当的；
最后，从犯罪主体的范围来看，挪用公款罪的实施者必须是国家工作人员；
而贪污罪的实施者除了国家工作人员之外，还包括那些受委托管理、经营国有财产的人员。
另外，从犯罪的主观意图来看，挪用公款罪的目的是为了非法获取公款的使用权；
而贪污罪的目的则是为了非法占有公共财物。

《刑法》第三百八十四条
【挪用公款罪】国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
第三百八十二条
【贪污罪】国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
与前两款所列人员勾结，伙同贪污的，以共犯论处。