挪用公款罪与贪污罪是具有不同社会危害性的两种犯罪。这两种犯罪对犯罪客体，即公共财产权的侵犯程度不同。贪污罪侵犯的是公共财产所有权中的占有、使用、收益、处分权四种权能，而挪用公款罪只侵犯公款的占有、使用和收益权。在一般场合，两者的界限是容易划分的，但在一些特殊的案件中，如行为人挪用公款后产生了非法占有故意的情形下，定性上可能发生混淆。
　理论上通常认为，贪污罪和挪用公款罪的区别主要表现在：一是两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还；而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。二是两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、账目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞；而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。在挪用公款案件中，行为人通常会在账面上留下痕迹，甚至会留下借款凭证，没有平账举动，因而通过查账能够发现公款被挪用的事实。

《最高人民法院关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第六条的规定，携带挪用的公款潜逃的，依照刑法关于贪污罪的规定定罪处罚。