在强奸罪证据欠缺的情况下，后续处置程序如下：
若经公安机关第二次补侦移送至检察机关，由该院依法审查并就案情作出决定——或是确定予以公诉，亦或决定不予起诉；
如检察机关最终决定起诉，那么案件将提交法庭进行审理。
在审判过程中，倘若法院认定证据依旧不足，将裁定撤销诉讼请求，遵循“疑罪从无”原则，对被告人予以无罪释放。
强奸罪，即通过暴力、威胁或其他非法手段强迫女性与其发生性关系的犯罪行为，其核心在于侵犯了“女性在性方面的自我决定权”这一基本人权。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；
认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。
补充侦查以二次为限。
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。