在处理取保候审之后的案件时，若被告人拒绝认罪，可能会导致极为复杂的法律程序。
根据司法实践的经验，当被告在取保候审期间不认罪的情况，司法机关将全面搜集和汇总所有与此案件相关的证据资料，以便进行深入细致的审查与评估。
如果经过严格的证据审查，发现这些证据足以证实犯罪行为的确凿性，即便被告人坚持否认其有罪，这并不妨碍司法机关依据法律规定对其进行定罪量刑。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条
【重证据、重调查研究、不轻信口供原则】对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。