不会有案底。
案底指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。
所以，案件被撤销，即说明在逃的犯罪嫌疑人没有被依法定罪量刑。
所以，该种情况下不会有案底。
在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。

《刑法》第三条
法律明文规定为犯罪行为的，依照法律定罪处刑；
法律没有明文规定为犯罪行为的，不得定罪处刑《刑事诉讼法》第一百六十三条
在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；
犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。