关于农村违建房子的处理，通常有以下几种常见方式：
一、责令限期拆除
当违建行为违背了相关规划、土地管理等方面的法律法规时，相关部门会依据具体情况，下达责令限期拆除决定书。
这份决定书会明确规定违建者需要在特定的期限内，自行对违建房屋进行拆除。
比如，若违建房屋位于规划的农田保护区内，影响了农业生产和土地规划，相关部门就会要求违建者在规定时间内拆除，以恢复土地的正常用途。
二、罚款并补办手续
对于部分情节相对较轻的违建房屋，如果通过补办相关手续能够使其合法化，相关部门可能会采取这种处理方式。
首先，会责令违建者缴纳一定数额的罚款，罚款数额会根据违建的具体情况来确定。
之后，允许违建者按照规定补办审批手续。
例如，一些村民因不清楚建房审批流程而未办理手续，但房屋建设符合整体规划要求，就可能适用这种处理方式。
三、强制拆除
若违建者在规定的期限内没有自行拆除违建房屋，相关部门为了维护法律法规的严肃性和公共利益，可依法进行强制拆除。
在处理农村违建房子的过程中，必须严格遵循法定程序，充分保障当事人的合法权益。
若当事人对处理决定存在异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
同时，各地在具体执行时，会结合当地实际情况，处理方式可能会有所差异。

案情回顾:

小朱在农村建了房子，房子位于规划农田保护区内，相关部门下达责令限期拆除决定书，要求他拆除。小朱认为自己建房是生活所需，不愿拆除。后相关部门又查出小李建房未办手续，但符合规划，要求罚款补办手续，小李觉得罚款不合理，产生争议。

案情分析:

1、对于小朱的情况，其房屋位于农田保护区内，违背相关规划法规，相关部门下达责令限期拆除决定书是依法行事，小朱应按规定拆除，维护土地正常用途。
2、小李虽建房符合规划，但未办手续，相关部门责令罚款补办手续是合理的，罚款是对其未按程序建房行为的惩戒，小李应理解并配合处理。