一般情况下，房屋征收补偿安置协议应由被征收房屋所在地区的房屋征收部门进行签署。
房屋征收部门的具体职责由市或县级人民政府明确规定，这些部门负责开展并执行本行政区域内的房屋征收和补偿工作。
然而，在实践过程中，也存在着房屋征收实施单位受委托与被征收人进行协商并签订协议的情况，尽管如此，最终的法律责任仍将由房屋征收部门承担。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条
市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。
市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。
市、县级人民政府有关部门应当依照本条例的规定和本级人民政府规定的职责分工，互相配合，保障房屋征收与补偿工作的顺利进行。