农村自建住房通常是由个人在自己拥有的土地内自行设计与兴建，而城市中的商品房则主要是由房地产开发商进行开发和建设，然后再将其作为商品出售给消费者。
当涉及到农村自建住房的拆迁赔偿问题时，可能会更加注重土地的属性以及房屋建造过程是否符合相关法律法规等因素。
相比较之下，商品房的拆迁赔偿则更依赖于市场行情，并需要综合参考该房产所处的地理位置、建筑面积大小、使用功能等多个方面。
此外，农村自建住房的所有权归属较为清晰，往往归属于最初的建造者；
然而，商品房的所有权可能会出现共同持有或者其他复杂情况。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。