商铺拆迁补偿标准是以宅基地使用权证书或建设用地使用权证书、国土部门房屋测绘数据为基础依法补偿商铺房屋价差损失、经营损失、停业停产损失、地上物即商铺机器设备等固定资产的损失、搬迁费用、解聘员工的安置补偿费用。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。