两个儿子办房产证有下列方式：
1、两个儿子在一个户口本上，也就是只有一户未分户时，应由该宅基地的原户主确权；
2、当事人的两个儿子未单独立户的，是不能以各自的名义办理该确权手续的；
3、两个儿子分别立户的，更多的时候都是将宅基地确权在一户名下，得到宅基地的对另一户进行补偿，若协商不成的，则由人民政府处理。

《中华人民共和国土地管理法》
第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。