保险中的特别约定通常是具有法律效力的，下面为你详细分析：
一、从合同性质角度看
保险合同是投保人与保险人就保险权利义务关系所达成的协议。
特别约定作为保险合同的重要组成部分，其法律效力有着明确的判定依据。
只要特别约定的内容不违反法律法规的强制性规定，比如不涉及违法的免责条款等；同时也不违背公序良俗，像不能约定损害公共利益或违背社会公德的内容，那么就是双方真实意思的体现。
在这种情况下，特别约定对投保人和保险人双方都具有法律上的约束力，双方都应当按照约定履行各自的义务。
二、关于具体效力的判定
1.当特别约定明确、具体时，例如在保险合同中清晰写明了特定情况下的赔偿比例、理赔条件等，并且双方在订立合同时都清楚知晓并认可了该约定。
那么在保险事故发生或者涉及保险责任认定等相关情况时，就应当严格按照特别约定来执行。
这有助于保障保险业务的正常开展，明确双方的权利和责任。
2.若特别约定存在模糊不清、歧义或显失公平等情形，比如条款表述模棱两可，容易让人产生不同理解，或者约定的内容明显对一方极为不利。
这种情况下，可能会对其效力产生影响。
此时就需要根据具体的实际情况，通过合同解释，比如依据合同上下文、交易习惯等来明确含义，或者通过司法裁判等方式来最终确定其效力以及具体的含义。

案情回顾:

小朱向保险公司投保，合同中有特别约定。后小朱发生保险事故申请理赔，保险公司依据特别约定部分拒赔，小朱认为特别约定模糊不清且显失公平，不应按此执行，双方产生争议。

案情分析:

1、从合同性质角度看，特别约定作为保险合同组成部分，若不违反法律法规强制性规定和公序良俗，是双方真实意思体现，对双方有约束力。本案需看特别约定内容是否合法合规。
2、关于具体效力判定，若特别约定明确具体，双方订立时知晓认可，应按约定执行。若存在模糊不清、歧义或显失公平等，需根据实际情况通过合同解释或司法裁判确定效力，本案中需判断该特别约定是否存在此类问题。