通常而言，汽车进水之后保险公司将会负责赔偿，但是存在两种特殊情形使得保险公司可能不予理赔：
首先，若未购买车辆损失险或涉水险，则当车辆遭遇水淹时，保险公司将不会予以赔偿，相应的经济损失需由车主自行承担；
其次，若在车辆涉水后，车主对车辆进行了二次启动，从而导致发动机遭受损坏，那么，即便已经购买了涉水险与车辆损失险，保险公司仍有权拒绝就发动机的具体损失部分进行赔付。

《机动车车辆损失险保险条款》第五条
在本合同的保险期间内，因发生意外事故造成的保险车辆损失本公司按照本合同的规定负责赔偿。