民间借贷纠纷已还清余款结案流程如下：
1.收集相关证明文件。在办理结案手续之前，需要收集相关证明文件，包括还款记录、贷款合同、还款凭证等。
2.前往银行办理手续。将所需证明文件带到贷款银行，向银行工作人员说明情况，提交相关证明文件。银行工作人员会核对贷款记录，确认贷款已经全部还清，并填写结案手续表格。
3.签署结案手续文件。银行工作人员会让借款人签署结案手续文件。这些文件包括结案申请书、结案通知书、结案表等。
4.银行审核。银行工作人员会对申请材料进行审核，确认借款人的还款记录和贷款合同等信息无误。审核通过后，银行会出具结案证明，作为贷款结案的重要凭证。
5.领取结案证明。银行工作人员会将结案证明交给借款人，借款人需要认真核对证明文件内容，确认无误后再离开银行。

《民事诉讼法》第二百四十三条
发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。
调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
第一百二十八条
人民法院应当在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告，被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。答辩状应当记明被告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式；法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式。人民法院应当在收到答辩状之日起五日内将答辩状副本发送原告。
被告不提出答辩状的，不影响人民法院审理。