在未持有有效驾照驾驶摩托车的情况下，遭遇交警依法查扣，相关的合法处理程序包括以下几个环节:
首先，机动车驾驶员需按照公安机关出具的扣留车辆的正式文件所规定的地点，到指定的违法行为处理窗口接受法律处罚;
其次，在接受完处罚之后，凭着公安机关开具的同意放行车辆的许可文书，方可前往停车场领取摩托车。
值得注意的是，公安机关交通管理部门对涉事摩托车进行核查的期限应不超过十天。

《道路交通安全违法行为处理程序规定》第二十八条
对扣留的车辆，当事人接受处理或者提供、补办的相关证明或者手续经核实后，公安机关交通管理部门应当依法及时退还。
公安机关交通管理部门核实的时间不得超过十日；需要延长的，经县级以上公安机关交通管理部门负责人批准，可以延长至十五日。
核实时间自车辆驾驶人或者所有人、管理人提供被扣留车辆合法来历证明，补办相应手续，或者接受处理之日起计算。
发生道路交通事故因收集证据需要扣留车辆的，扣留车辆时间依照《道路交通事故处理程序规定》有关规定执行。