在借款合同发生纠纷时，应按如下方法进行处理：
1、选择恰当解决纠纷的方式如果协商不成，可以直接向人民法院起诉或仲裁机构申请仲裁。
2、注意解决借款合同纠纷的期限根据《民事诉讼法》的规定，解决借款合同的纠纷适用三年诉讼时效的限制。
3、应注意的其他事项。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。