建筑企业由分公司签订合同是可以的，建筑企业的分公司登记拿到相应资质后，可以独立开展工程承包经营活动，包括签订工程承包合同。当然，由于分公司没有法人资格，其签订合同后，如果发生工程承包合同纠纷，总公司要承担最后的违约责任。

《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。