公司合同不见了的，当事人可以按照以下方式处理：
1、复印合同相对方留存的合同，如果合同已向相关部门登记备案的，当事人还可以到备案部门复印合同；
2、当事人可以与合同相对方协商，在达成一致后，签订新的合同。
根据法律规定，依法成立的合同自其成立时生效，公司合同不见了的，不会影响合同本身的效力，合同双方仍应按约定履行合同。
如果一方不按约定履行合同的，另一方有权要求其承担违约责任。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。