如果协议有明确条款说明盖章后生效，但只有法人代表签字，没盖公章，协议还不能生效。没有这个盖章后生效的条款，双方有法人代表签字，没盖公章，协议就已经生效。合同的生效是指已经成立的合同在当事人之间产生了一定的法律拘束力，也就是通常所说的法律效力。
法律依据：
《合同法》第三十二条
当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。