在公司涉及的债权债务关系还在法院诉讼期间，若公司进行注销登记，则无法保证对该案所涉及的债权债务关系进行合理的清算和处理。债权人无法及时依法参与到债权分配中，直接导致债权人的权益难以实现。
此外，由于诉讼期间公司被注销登记导致其丧失独立法人资格，即无法作为合法的诉讼主体参与到诉讼中，因此将面临诉讼主体变更问题。
因此，公司在诉讼过程中不宜进行注销登记，这样既不利于债权人权益的保护，也影响公司的合理清算及股东有限责任的承担。依法合理地进行公司清算，全面彻底地处理公司债权债务后再进行注销登记才是最佳的公司退出市场方式。

《公司法》第186条规定：清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。