妊娠期离婚子女抚养权会判给女方。因为法律规定，对于未满两周岁的子女，以母亲直接抚养为原则。如果女方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活、或是有抚养条件不尽抚养义务等其他子女确无法随母方生活的原因时，抚养权会判给男方。

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》第四十四条
离婚案件涉及未成年子女抚养的，对不满两周岁的子女，按照民法典第一千零八十四条第三款规定的原则处理。母亲有下列情形之一，父亲请求直接抚养的，人民法院应予支持：
（一）患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；
（二）有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活；
（三）因其他原因，子女确不宜随母亲生活。