首先分居两年并不会自动离婚，只要没有办理离婚登记手续或者被法院判决离婚的，婚姻关系是不会自动解除的。
既然没有离婚就不存在分割财产的问题，因为在婚姻关系存续期间，除非有特殊情况否则不能分割夫妻共同财产。
如果双方分居两年后准备离婚，并去办理离婚手续的，则共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

《民法典》第一千零六十六条
婚姻关系存续期间，有下列情形之一的，夫妻一方可以向人民法院请求分割共同财产：
（一）一方有隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产或者伪造夫妻共同债务等严重损害夫妻共同财产利益的行为；
（二）一方负有法定扶养义务的人患重大疾病需要医治，另一方不同意支付相关医疗费用。