1、男方净身出户的离婚协议应当有效。夫妻双方对离婚事项达成协议的，双方应当共同签订书面的离婚协议，离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见，双方可以约定共同财产全部归一方所有。
2、只要男方的净身出户离婚协议是自愿达成的，该离婚协议应当具有法律效力，离婚协议在双方办理离婚登记后，立即生效。
在法院开庭审理中，具体的流程有：开庭审理前，由书记员查明当事人和其他诉讼参加人是否到庭，宣布法庭纪律。审判员核对当事人，宣布案由，宣布审判人员是否回避；之后，开始法庭调查，询问当事人和当事人陈述；告知当事人的权利和义务，询问证人，宣读未到庭的证人证言；询问鉴定人，宣读鉴定结论；出示书证、物证和视听资料；宣读勘验笔录。之后，开始法庭辩论，原告及其诉讼代理人发言，被告及其诉讼代理人发言，双方互相辩论。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。