离婚后孩子患有重大疾病的费用原则上是由父母双方一起共同承担的，当然也可以和对方协议增加孩子的抚养费。
夫妻离婚后，无论孩子归哪一方抚养的，一旦孩子患有重大疾病的，抚养孩子的一方难以独立承担孩子的医药费用，可以与对方协议分摊。

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。
离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。