关于商品房预售合同开发商所做的变更是否仍然有效这一问题，答案是肯定的。当我们在实际订立商品房预售合同时，买卖双方完全有权利就某些尚未详尽描述的细节问题作出进一步的补充约定，或者在保证合同公正、平等的条件下对原有商品房预售合同中的相关条款做出适当修改。只要这些变更没有违反任何现行法律法规的禁止性规定，开发商便享有充分的自由与购房者进行深入的协商，并且将双方协商一致的内容以书面形式明确地体现在商品房预售合同之中。

《民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。
第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条
当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。