在深圳地区，针对小产权房的拆迁赔偿标准明确规定，赔偿金额不应低于房屋征收决定公告发布当日该区域市场所能达到的房价水平。与此同时，拆迁方也必须向涉及到的业主支付相应的安置补偿费用和搬迁费用。倘若被判定为用于商业用途的房屋，还需向原物业支付停业期间的损失补偿款项。
其次，在深圳市的小产权房拆迁中，同样存在着赔偿的可能性。
其中，对于被征收房屋价值的补偿，其数额不得低于房屋征收决定公告发布之日，被征收房屋类似房地产的市场价格。

《深圳市房屋征收与补偿实施办法(试行)》第二十三条作出房屋征收决定的辖区政府对被征收人以及符合规定的合法使用人给予的补偿包括：(一)被征收房屋价值(含已经取得的合法国有土地使用权的价值)的补偿;(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。搬迁费、临时安置费、停产停业损失补偿等标准根据本办法附件《深圳市房屋征收补偿规则》确定。