二手房交易协议应在相关部门进行备案。如若买卖双方选择委托中介进行交易，则需确保该中介具备相应资质以进行合同备案。如是这样，中介机构有权直接处理此事项；反之，倘若该中介并不具有上述资质，买卖双方便需携带各自的有效身份证件以及卖方的房屋所有权证书和土地使用权证书等资料前往当地的房地产管理部门办事窗口签署购销合同并完成现场备案手续。

《不动产登记暂行条例》第十四条因买卖、设定抵押权等申请不动产登记的，应当由当事人双方共同申请。《不动产登记暂行条例》第十六条申请人应当提交下列材料，并对申请材料的真实性负责：登记申请书；申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；不动产界址、空间界限、面积等材料；与他人利害关系的说明材料；法律、行政法规以及本条例实施细则规定的其他材料。不动产登记机构应当在办公场所和门户网站公开申请登记所需材料目录和示范文本等信息。