关于商铺租赁协议的争议问题，可通过以下多种途径予以妥善解决：首先是双方当事人通过友好协商，从而达成共识；其次，若未能达成一致，当事人便有权寻求相关机构的调解帮助；再者，根据法律规定，还可以依法向仲裁机构提请仲裁或是直接向法院提起诉讼以维护自身合法权益。关于争议的处理，需注意的是，因合同引发的诉讼案件应由被告所在地或合同具体履行地点的相应法院进行审理和裁判。

《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
《中华人民共和国民法典》第十条
处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。