针对开发商未能及时办理房屋所有权证书所导致的补偿问题，遵循以下步骤处理：首先，查看购房协议是否对此类情况有所规定，若已有明确规定则严格按照协议执行；如无相关条款，可尝试与开发商展开沟通，寻求双方达成的合理解决方案；若经友好磋商无法达成一致意见，可考虑申请调解或采取法律诉讼手段；倘若在适当等待期限后开发商仍未履行其相应义务，进而影响到了合同最初设定的主要目标及利益无法得以实现，此时便有权要求解除这份特定的买卖契约。

《民法典》第一百八十六条
因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。
第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第五百七十八条
当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。
第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。