有以下区别：
1、建设用地：
自建房的建设用地一般是不归个人所有，归乡集体所有，大产权房则是正规归个人所有拥有产权。
2、是否是由国家颁发产权证书，由国家正规颁发产权证书的称为大产权房，不是的则称为自建房。

《民法典》第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。
统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十七条
不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。
不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；
记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。